Думаю, Вы не зря задали этот вопрос. Потому что часто встречаются различные варианты написания этого сложного слова: « мега – проект», «мега проект» и конечно же «магапроект». Сложные слова, в первой части которых есть «мега» со значением миллион, в миллион раз больше (мегаватт, мегатонна), имеющие большие, гигантские размеры (мегаспора, мегалит, мегаполис) пишется слитно, в одно слово. Правильно будет «мегапроект».